Desde 2013 a ANPEd participa da Comissão Nacional de Educação Escolar Indígena (CNEEI) tendo como representantes as Profs. Rosa Helena Dias da Silva (titular) e Shirley Aparecida de Miranda (suplente). A CNEEI foi instituída pela Portaria nº 734, de 7 de junho de 2010 e é um órgão colegiado de caráter consultivo, com a finalidade de assessorar o Ministério da Educação na formulação de políticas para a Educação Escolar Indígena.
O Regimento Interno foi objeto da 1ª Reunião Extraordinária de 2013 - já contando com a participação da representação da ANPEd – tendo sido aprovado pela Portaria nº 410, de 9 de maio de 2014.
Em 2013 foram realizadas três reuniões da CNEEI (duas ordinárias e uma extraordinária). As principais questões tratadas na primeira reunião ordinária foram: Ensino Superior; Formação de Professores; Conferência Nacional de Educação Escolar Indígena; Conferência Nacional de Educação Básica (CONAE 2014) e a participação de delegados indígenas (definição de critérios); Sistema Nacional de Educação e Sistema Próprio; Territórios Etnoeducacionais. A reunião extraordinária tratou de temáticas ligadas ao funcionamento da CNEEI (discussão e aprovação do Regimento) e do Programa Nacional dos Territórios Etnoeducacionais. No Programa constam Eixos como: Gestão Educacional e Participação Social; Pedagogias Diferenciadas e Uso das Línguas Indígenas; Memórias, Materialidade e Sustentabilidade; Educação Profissional e Tecnológica; Educação Superior e Pós-Graduação. A segunda reunião ordinária teve como pontos de pauta o aprofundamento dos temas Educação Superior e Ensino Tecnológico.
A 1ª. Reunião Ordinária da CNEEI em 2014 ocorreu nos dias 27 e 28 de maio, em Brasília/DF tendo como tema: “Desafios e perspectivas da implementação dos Territórios Etnoeducacionais – 5 anos do Decreto n. 6861/2009”. Foram realizados balanços da implementação da política, análises dos desafios enfrentados desde 2009 e recomendações para maior efetividade. (“Carta Aberta da Comissão Nacional de Educação Escolar Indígena sobre a implementação dos Territórios Etnoeducacionais”).
Um dos desafios atuais é a realização da II Conferência Nacional de Educação Escolar Indígena (CONEEI) e o debate da criação de um Sistema próprio de Educação Escolar Indígena, reivindicação e ponto central do Documento Final da I CONEEI (2009). A Portaria nº 421, de 9 de maio de 2014, convoca a realização da II CONEEI no mês de março de 2016, com o tema “O Sistema Nacional de Educação e a Educação Escolar Indígena: regime de colaboração, participação e autonomia dos Povos Indígenas”.